元代（1206——1368），真宁仍属宁州。山河、太昌、早社3镇及定平、襄乐2城归宁州直辖。

明代（1368——1644），前期仍袭旧制，直至万历二十九年（1601），经邑人赵邦清提请，朝廷改真宁县直属庆阳府，宁州不再领真宁县。真宁县辖郭下、长乐、望仙、文乐、乐兴、平子、西峪、路上、香庙、中庙、长城、移丰、山河、新庄、万益、万盈、安夫、要册、勾仁、安兴、烟村21里。

清代（1616——1911）。初期沿袭明制。顺治五年（1648），真宁知县焦象贤申请，并21里为7里，即：与新、光化、挈炬、和恒、金汤、灵湫、永绥7里，共编为68甲。康熙八年（1669），析陕西行省甘肃布政使司置甘肃行省，真宁属甘肃行省庆阳府。雍正元年（1723），因避清世宗“胤礻真 ”讳，更名真宁县为正宁县。

民国和陕甘宁边区时期（1911——1949）     

民国初，正宁县治仍在罗川，正宁县先后属陇东道和泾原行政区。民国18年（1929），县长李剑泉被饥民所杀，县治迁至山河。当时全县辖山河、永和、罗川3区42个行政村。民国22年，改区公所为镇公所。民国25年，民国政府废泾原行政区，设立甘肃省第三行政督察专员公署，正宁县属之。同年，又改镇公所为区公署。区下为联保，联保下为保，保下为甲。全县共辖3区6联保46保492甲。

1932年4月，刘志丹、谢子长率领陕甘游击队在正宁县寺村塬建立了陕甘边区的第一个临时革命政权——寺村塬革命委员会。1934年11月，共产党在正宁县成立了南区革命委员会。1935年初因战争原因，南区革命委员会和正宁县办事处暂驻陕西省中部县小石崖村。1935年7月，南区革命委员会和正宁县办事处机关迁驻正宁县三嘉塬。9月，成立南区苏维埃政府和新正县革命委员会，两机关移驻五顷原南邑村。11月，南区苏维埃政府改为关中特区苏维埃政府。1937年10月，关中特区改为关中分区督察专员公署，新正县苏维埃政府改为新正县抗日民主政府，属关中分区管辖，两机关合署办公，前后驻南邑村2年零3个月。此后，两机关移驻新正县三区八乡马家堡。当时，新正县共辖6区42乡：一区辖今湫头、五顷原等9个乡；二区辖今三嘉、关川等6个乡；三区辖长舌头等8个乡（今属陕西省旬邑县）；五区辖今永正、榆林子长乐地区7个乡；六区辖底庙等5个乡（今属陕西省彬县）。同年，解放区新宁县抗日民主政府在今正宁县月明乡杨园子成立，西坡、月明等乡归属新宁县管辖。 

1937年1月，国民党正宁县政府同新正县抗日民主政府进行谈判，划分临时县界。新正县政府作出让步，将第五区全部划给国民党正宁县政府。从此，新正县辖区由6个区减为5个区，乡政府合并为28个。

1940年，国民党政府改区为乡镇，取消联保。国民党正宁县政府时有山河、永和、罗川、平子4镇及永正、纪纲2乡，下辖46保496甲。

1946年，国民党正宁县政府增设三嘉、月明2乡和湫头镇，因地域分属新正县和新宁县，故将月明乡侨置山河镇，将三嘉乡和湫头镇侨置永和镇。

1948年，国民党正宁县政府仍辖山河、永和、罗川、平子4镇及永正、纪纲2乡，下属56保。

1949年4月，关中分区更名为三原分区，新正县、新宁县属之。同年5月，国民党正宁县自卫队在雷鸿轩、先子灵率领下宣布武装起义，县长马守礼被押送解放区。6月初，自卫队一部又叛逃到平子镇，国民党第三督察专员公署借机在平子镇恢复了国民党正宁县政府。同年6月，解放区陇东分区和三原分区负责人在陕西三原开会，决定撤销新正和新宁县建置，恢复正宁县和宁县，并将两县归属陇东分区。会议还决定将原宁县管辖的宫河镇及米桥乡2个保划归正宁县，将原正宁县管辖的平子镇划归宁县。原新宁县管辖的西坡、月明地区划归正宁县。原新正县管辖的湫坡头、职田、底庙分别划归陕西省旬邑县、分阝 县。7月26日，经中共西北中央局批准，陇东分区改称庆阳分区，正宁县属之。

中华人民共和国时期（1949年至现在）     

1949年7月27日，正宁县解放。新成立的正宁县人民政府从原新正县三区驻地阳坡头村迁往永正。在永正讨论商定了对全县新解放区的接收工作。8月8日，县政府机关进驻山河城。从此，山河成为正宁县政治、经济、文化活动的中心。

1949年至1952年，正宁县辖三嘉、湫头、永和、西坡、永正、罗川、宫河7个区、47个乡、165个行政村、439个自然村。